More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4237 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
331 aa  666    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  74.24 
 
 
364 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  73.72 
 
 
333 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  73.41 
 
 
333 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  56.06 
 
 
327 aa  366  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  47.88 
 
 
338 aa  326  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  51.35 
 
 
335 aa  320  3e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  40.92 
 
 
336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
331 aa  249  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 
338 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  39.7 
 
 
337 aa  245  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  39.16 
 
 
352 aa  232  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  41.03 
 
 
382 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  38.25 
 
 
347 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 
338 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 
361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 
358 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 
330 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  36.78 
 
 
347 aa  212  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  37.2 
 
 
339 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 
353 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 
339 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  34.94 
 
 
330 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 
334 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  39.21 
 
 
400 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 
337 aa  209  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  38.84 
 
 
353 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 
344 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 
327 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  37.58 
 
 
330 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  38.21 
 
 
335 aa  207  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 
341 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 
338 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  39.16 
 
 
348 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  37.61 
 
 
362 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  38.21 
 
 
362 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
386 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 
338 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  37.83 
 
 
386 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  34.86 
 
 
387 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 
341 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 
334 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  39.16 
 
 
352 aa  198  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  34.05 
 
 
345 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 
334 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 
339 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 
348 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 
339 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 
373 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 
338 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 
338 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 
344 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 
344 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 
348 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 
344 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 
331 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 
344 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 
337 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 
344 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 
344 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 
356 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 
375 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  35.37 
 
 
375 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 
375 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 
336 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  36.2 
 
 
341 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  37.57 
 
 
340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  34.83 
 
 
353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 
341 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 
417 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  33.84 
 
 
375 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  36.92 
 
 
342 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  35.1 
 
 
323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 
375 aa  179  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 
362 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  33.74 
 
 
338 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  35.28 
 
 
342 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 
358 aa  177  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 
340 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  33.44 
 
 
340 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 
340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 
336 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 
308 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  35.49 
 
 
348 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 
343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 
344 aa  159  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 
361 aa  159  9e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 
337 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  33.14 
 
 
355 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5976  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 
324 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 
345 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  35.93 
 
 
353 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 
342 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 
366 aa  149  7e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 
333 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>