More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2328 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 346 aa  702    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 345 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 342 aa  146  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 343 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  30.47 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 344 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 333 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 336 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 353 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  29.7 
 
 		 348 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 344 aa  119  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  30.03 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  28.53 
 
 		 353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03349  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 		 347 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  29.46 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  31.23 
 
 		 337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  27.47 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 396 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  26.57 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 341 aa  110  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 336 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.13 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.45 
 
 		 335 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 341 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.51 
 
 		 345 aa  106  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  29.43 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 349 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  27.22 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 330 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  30.56 
 
 		 346 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  30.22 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  28.66 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  27.58 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 346 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.27 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  30.08 
 
 		 354 aa  100  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 343 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 358 aa  100  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  27.56 
 
 		 348 aa  99.8  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 352 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 364 aa  99.4  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 346 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 355 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 361 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 343 aa  97.4  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  38.06 
 
 		 339 aa  97.1  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 346 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  28.9 
 
 		 352 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 327 aa  97.1  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 344 aa  97.1  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 339 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  25.3 
 
 		 360 aa  96.3  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  36.07 
 
 		 198 aa  96.3  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  27.43 
 
 		 366 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  27.68 
 
 		 348 aa  95.9  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  25.07 
 
 		 335 aa  95.5  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  27.51 
 
 		 347 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  27.83 
 
 		 340 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 356 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 338 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>