More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_2042 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  686    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  95 
 
 		 345 aa  637    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  72.65 
 
 		 341 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  71.26 
 
 		 346 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  71.26 
 
 		 346 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  72.78 
 
 		 357 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  70.21 
 
 		 346 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  68.14 
 
 		 346 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  68.44 
 
 		 352 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  66.96 
 
 		 361 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 359 aa  293  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  41.67 
 
 		 360 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  40.6 
 
 		 348 aa  245  6.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 334 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  32.63 
 
 		 339 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  32.33 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 353 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.12 
 
 		 353 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 337 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 345 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 353 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 337 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  29.58 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 366 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  31.23 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 355 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 356 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 330 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  28.19 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.96 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 366 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 354 aa  123  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 343 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  28.15 
 
 		 348 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 352 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 366 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 359 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 358 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  31.38 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  28.96 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.99 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  27.68 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.04 
 
 		 335 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 		 345 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 347 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 358 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 372 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  25.98 
 
 		 356 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  23.68 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  23.24 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  31.36 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  25.98 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 344 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 343 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 342 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  30.47 
 
 		 333 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  29.12 
 
 		 333 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  23.39 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 369 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 369 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>