More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4254 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 343 aa  702    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 353 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 353 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 353 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  33.13 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 344 aa  159  8e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 358 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  28.96 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  25.84 
 
 		 346 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.79 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  25.4 
 
 		 345 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  28.05 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  25.08 
 
 		 348 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 367 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 348 aa  112  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 344 aa  109  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  28.44 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  27.13 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 348 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 346 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 389 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 364 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 389 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 364 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 364 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 335 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 369 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 359 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 385 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  26.85 
 
 		 338 aa  100  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 345 aa  99.8  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 330 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 332 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  26.06 
 
 		 335 aa  98.6  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 351 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 375 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 345 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  26.81 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  27.71 
 
 		 352 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  26.73 
 
 		 352 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 366 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 338 aa  96.7  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  25.7 
 
 		 335 aa  96.7  6e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 366 aa  96.3  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 364 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  25.76 
 
 		 345 aa  96.3  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 346 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 343 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 346 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 355 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 340 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 345 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  25.07 
 
 		 353 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 364 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 425 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 398 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  24.26 
 
 		 356 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  36.16 
 
 		 327 aa  94  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  27.07 
 
 		 347 aa  94  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  24.68 
 
 		 396 aa  94.4  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 360 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  26.49 
 
 		 339 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 341 aa  93.6  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 331 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>