More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0268 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 345 aa  687    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  38.24 
 
 		 343 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  36.12 
 
 		 333 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 344 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 337 aa  192  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 342 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  35.33 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  35.28 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 353 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  33.23 
 
 		 353 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 353 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  32.93 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 352 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  34.56 
 
 		 337 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  37.54 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 344 aa  159  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 359 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 346 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 338 aa  152  7e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 364 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 349 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 340 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  32.15 
 
 		 335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 366 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.71 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  27.09 
 
 		 353 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  42.71 
 
 		 198 aa  143  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  30.75 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 330 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 330 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  31.64 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  35.74 
 
 		 357 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  32.92 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  29.22 
 
 		 346 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 344 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03349  putative transcriptional regulator  28.9 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  31.49 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  31.4 
 
 		 339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  30.79 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 366 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  31.1 
 
 		 339 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 338 aa  129  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 345 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 358 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  28.96 
 
 		 348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 336 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.89 
 
 		 343 aa  125  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 346 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 338 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 355 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 382 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 372 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  27.52 
 
 		 343 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 364 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 396 aa  122  7e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 341 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 360 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.92 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  31.88 
 
 		 365 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  28.61 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  28.94 
 
 		 330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>