More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1825 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  684    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  74.4 
 
 		 353 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  71.56 
 
 		 353 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 353 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  71.56 
 
 		 353 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  71.56 
 
 		 353 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  72.07 
 
 		 337 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  72.59 
 
 		 337 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 349 aa  251  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 337 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 334 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  38.86 
 
 		 348 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 341 aa  226  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 338 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 358 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 344 aa  218  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  34.93 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 342 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 347 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  33.23 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 345 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 341 aa  182  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  33.43 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  33.84 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 344 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 367 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 343 aa  159  9e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 365 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  35.47 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 362 aa  152  8e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 358 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 331 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  30.84 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 337 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 350 aa  149  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.29 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  32.92 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 347 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  28.93 
 
 		 345 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  29.18 
 
 		 346 aa  146  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 364 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  32.34 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 358 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 358 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  32.61 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 343 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 344 aa  142  7e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 345 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 360 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 356 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  32.05 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  30.46 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  32.29 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 337 aa  139  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 356 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 333 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 345 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.24 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 341 aa  132  7.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  27.33 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  27.98 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 359 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 340 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 330 aa  129  7.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 345 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  27.11 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.19 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  33.23 
 
 		 357 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 		 198 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 360 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  29.39 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>