More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5548 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  86.68 
 
 		 369 aa  643    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  84.66 
 
 		 366 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 366 aa  743    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  85.87 
 
 		 369 aa  636    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  86.68 
 
 		 369 aa  643    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  99.18 
 
 		 366 aa  739    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  80.6 
 
 		 366 aa  591  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  71.68 
 
 		 372 aa  518  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  43.39 
 
 		 341 aa  285  8e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 364 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  44.78 
 
 		 345 aa  283  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 345 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 341 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  34.57 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 330 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  33.95 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 330 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.47 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 382 aa  155  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  30.79 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 344 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 389 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 398 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.58 
 
 		 343 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 339 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 364 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 389 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 360 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 389 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 385 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 343 aa  143  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 343 aa  143  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 425 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 373 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 338 aa  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  33.75 
 
 		 357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  33.74 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 340 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 340 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 340 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 340 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 344 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 340 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 342 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 345 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 370 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  27.98 
 
 		 354 aa  125  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  30.71 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 347 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 336 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 347 aa  123  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 337 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0166  helix-turn-helix domain-containing protein  28.49 
 
 		 368 aa  122  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  29.81 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  30.03 
 
 		 340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  25.47 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 356 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 333 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 352 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 339 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  27.58 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 356 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 353 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 		 356 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 344 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0121  putative transcriptional regulator  26.93 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0425295  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  31.55 
 
 		 341 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 341 aa  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3244  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 345 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.479288  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 360 aa  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3648  transcriptional regulator, AraC family protein  29.25 
 
 		 333 aa  113  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  28.15 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  26.49 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>