More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5339 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 356 aa  725    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  99.7 
 
 		 330 aa  665    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  96.97 
 
 		 330 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  90 
 
 		 330 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  75.38 
 
 		 332 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  63.94 
 
 		 330 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 339 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  54.55 
 
 		 339 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 340 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  33.93 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  33.93 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 359 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 389 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 369 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 369 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 366 aa  166  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.74 
 
 		 343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 389 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 389 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 385 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 382 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 360 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 356 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0121  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0425295  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 343 aa  158  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 398 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 355 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 366 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 350 aa  155  7e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 425 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 344 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 360 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3221  transcriptional regulator, putative  29.1 
 
 		 339 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 364 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 372 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0082  hypothetical protein  29.41 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00626494  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  29.66 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  28.97 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 373 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 366 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0191  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.211144  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0219  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0996  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1560  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2578  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2722  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1365  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.884424  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  26.51 
 
 		 347 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 345 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 344 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0132  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  30.96 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.968788  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 345 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 345 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 344 aa  136  7.000000000000001e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 361 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 356 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 340 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  35.78 
 
 		 357 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.54 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 338 aa  129  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 376 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>