More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1792 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 359 aa  736    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  58.58 
 
 		 352 aa  410  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  58.01 
 
 		 347 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  58.91 
 
 		 347 aa  388  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 327 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  43.24 
 
 		 381 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 342 aa  240  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 347 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 340 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 353 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 358 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.72 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 345 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 358 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 358 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 339 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 332 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  31.75 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 344 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 350 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.42 
 
 		 333 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 338 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  29.52 
 
 		 372 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 348 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 376 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 374 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 337 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 351 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 337 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  27.33 
 
 		 366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  28.31 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 363 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 365 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  29.56 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 345 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 343 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 360 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 334 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 330 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2682  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 380 aa  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 356 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  30.45 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  25.97 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  25.45 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  29.01 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 367 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 344 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 330 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  27.03 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  30.5 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 365 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0399  putative transcriptional regulator  30.69 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  24.3 
 
 		 335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0530  helix-turn-helix domain-containing protein  30.22 
 
 		 354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  28 
 
 		 345 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 338 aa  114  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04000  putative transcriptional regulator  31.41 
 
 		 350 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.3 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 348 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 333 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 342 aa  112  9e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 		 338 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  24.93 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  24.61 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>