More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5388 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  673    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  96.97 
 
 		 330 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  96.97 
 
 		 356 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  90.3 
 
 		 330 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  75.99 
 
 		 332 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  63.94 
 
 		 330 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 339 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  53.96 
 
 		 339 aa  332  8e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 340 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  34.15 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  34.15 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 369 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 369 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 369 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 359 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 389 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 389 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 364 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 366 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 366 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.74 
 
 		 343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 382 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 366 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 343 aa  162  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 360 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 398 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0121  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0425295  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 360 aa  159  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 360 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 356 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 425 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 355 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 357 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3221  transcriptional regulator, putative  29.41 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 360 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 372 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 339 aa  149  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0082  hypothetical protein  29.72 
 
 		 338 aa  149  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00626494  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  29.31 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  32.27 
 
 		 345 aa  146  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 341 aa  145  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2722  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0191  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.211144  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  28.62 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1365  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.884424  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0996  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2578  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1560  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0219  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 373 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 366 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 345 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 341 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 345 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  27.42 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 345 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 370 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 340 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 344 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0132  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  31.27 
 
 		 337 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.968788  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 347 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 361 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 338 aa  133  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 344 aa  132  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 364 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  35.78 
 
 		 357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 396 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 353 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1113  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 339 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 376 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>