More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3508 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 352 aa  709    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  96.88 
 
 		 373 aa  668    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  86.09 
 
 		 343 aa  587  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  84.68 
 
 		 364 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  84.1 
 
 		 343 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 343 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  45.29 
 
 		 345 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 339 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  42.6 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 344 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 360 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  38.78 
 
 		 321 aa  216  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 398 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 342 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 344 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 340 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 340 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 340 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 340 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 340 aa  192  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  36.44 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3648  transcriptional regulator, AraC family protein  34.43 
 
 		 333 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 359 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 330 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 369 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 369 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 369 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 330 aa  149  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 345 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 336 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 347 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 336 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  33.84 
 
 		 330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 356 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 347 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 330 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 372 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  30.03 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 366 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 345 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 345 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 345 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 345 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 345 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 364 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  29.64 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 343 aa  133  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 341 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  32.84 
 
 		 339 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  31.95 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 356 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 356 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  31.72 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 360 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  32.51 
 
 		 357 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  27.71 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.13 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 335 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0121  putative transcriptional regulator  28.71 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0425295  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1968  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.83471 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 389 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 389 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 353 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 353 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 353 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3221  transcriptional regulator, putative  27.85 
 
 		 339 aa  106  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 353 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  27.75 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 364 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 425 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 346 aa  104  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2578  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0191  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.211144  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1365  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.884424  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2722  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0219  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1560  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>