More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1113 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1113  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  699    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  31.36 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  31.36 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 345 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 330 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 345 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 332 aa  133  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 345 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 336 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  30.74 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  28.05 
 
 		 347 aa  126  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  27.67 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 356 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 382 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 356 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  29.55 
 
 		 335 aa  122  8e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  29.55 
 
 		 335 aa  122  8e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 360 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 341 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  26.39 
 
 		 345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 341 aa  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 247 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 369 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 369 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 366 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0166  helix-turn-helix domain-containing protein  25.51 
 
 		 368 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 364 aa  106  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 345 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  27.68 
 
 		 344 aa  105  9e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.39 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2159  helix-turn-helix domain-containing protein  21.91 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.802618  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 345 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 398 aa  103  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 366 aa  102  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 351 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 353 aa  100  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  27.3 
 
 		 356 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  25.84 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 345 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  28.99 
 
 		 357 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 332 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  27.68 
 
 		 341 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  25.81 
 
 		 346 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  26.71 
 
 		 348 aa  96.3  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 366 aa  95.9  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4184  helix-turn-helix domain-containing protein  27.11 
 
 		 341 aa  95.9  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26598  normal  0.842889 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 352 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 359 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 353 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 336 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 338 aa  93.6  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 340 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 340 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 340 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 340 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 340 aa  93.2  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 353 aa  92.8  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  25.52 
 
 		 333 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 344 aa  92.4  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 343 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 370 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  23.84 
 
 		 345 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 344 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  28.86 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 331 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0082  hypothetical protein  27.02 
 
 		 338 aa  91.3  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00626494  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  27.16 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>