More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2543 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  680    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 335 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  48.21 
 
 		 288 aa  286  2.9999999999999996e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4184  helix-turn-helix domain-containing protein  37.69 
 
 		 341 aa  239  4e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26598  normal  0.842889 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  31.69 
 
 		 339 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  31.69 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 340 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  26.43 
 
 		 335 aa  152  5e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  26.2 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 347 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 345 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 345 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 345 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 345 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 330 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  32.74 
 
 		 354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 356 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  29.49 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1113  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 339 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  28.45 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 369 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 337 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 366 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 344 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 366 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  24.79 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 341 aa  123  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  26.3 
 
 		 356 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 398 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 360 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 343 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 366 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 339 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 357 aa  122  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 359 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 344 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 360 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 339 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1365  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.884424  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.15 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0191  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.211144  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1560  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2578  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0996  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2722  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0219  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  32.32 
 
 		 357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.54 
 
 		 335 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 372 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 359 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 382 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  28.52 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  29.47 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 353 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 338 aa  113  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 350 aa  113  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 247 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  28.96 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 361 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  29.43 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 332 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 345 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 344 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  26.61 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 373 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>