More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0701 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  100 
 
 
345 aa  721    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  69.3 
 
 
367 aa  518  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  57.01 
 
 
350 aa  423  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 
344 aa  184  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 
341 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 
337 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 
334 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 
353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 
353 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 
353 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  29 
 
 
353 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 
337 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 
353 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  28.96 
 
 
337 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 
330 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  26.61 
 
 
330 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 
337 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  30.18 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  28.4 
 
 
348 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 
347 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 
358 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 
342 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 
343 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 
333 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  23.42 
 
 
341 aa  123  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 
349 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 
359 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 
376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  26.69 
 
 
365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 
344 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 
344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.09 
 
 
337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 
357 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 
345 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 
348 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 
375 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 
343 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 
347 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 
348 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  26.2 
 
 
337 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 
332 aa  105  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 
359 aa  105  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  26.71 
 
 
340 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
337 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 
344 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 
365 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  27.58 
 
 
345 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 
345 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 
339 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 
333 aa  102  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 
343 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  26.79 
 
 
390 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 
396 aa  102  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  23.9 
 
 
335 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  26.52 
 
 
343 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 
336 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.92 
 
 
337 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 
345 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  26.52 
 
 
372 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 
352 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  24.55 
 
 
365 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  26.18 
 
 
343 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  23.82 
 
 
338 aa  99.8  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  22.64 
 
 
360 aa  99.8  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 
360 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 
344 aa  99  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5980  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 
357 aa  99  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 
336 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  27.96 
 
 
352 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
345 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 
347 aa  98.6  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 
333 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 
362 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 
333 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 
343 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 
335 aa  96.7  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 
350 aa  96.7  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 
344 aa  96.3  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 
340 aa  95.9  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 
367 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  26.2 
 
 
360 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  25.14 
 
 
364 aa  94  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 
351 aa  94  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 
335 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 
346 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  27.43 
 
 
339 aa  93.6  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  22.8 
 
 
348 aa  93.6  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  25 
 
 
333 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
330 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  25.37 
 
 
373 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 
373 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 
346 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  23.15 
 
 
346 aa  92.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 
351 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 
347 aa  92.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 
336 aa  92  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  25.29 
 
 
333 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 
339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  24.31 
 
 
339 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>