More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2544 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 330 aa  658    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  88.18 
 
 		 330 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  69.91 
 
 		 347 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  64 
 
 		 347 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  61.96 
 
 		 341 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  59.7 
 
 		 338 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  60.12 
 
 		 344 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 339 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 327 aa  379  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 334 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  55.56 
 
 		 330 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 334 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 334 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  56.53 
 
 		 334 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  58.15 
 
 		 340 aa  352  4e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 336 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 338 aa  292  6e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 342 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 348 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  45.8 
 
 		 339 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  43.71 
 
 		 387 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 344 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 344 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 344 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 344 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 344 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  42.3 
 
 		 338 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  42.3 
 
 		 338 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 344 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 338 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 345 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 356 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 338 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 353 aa  248  7e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 362 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 361 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  42.53 
 
 		 340 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  43.37 
 
 		 352 aa  245  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  42.68 
 
 		 375 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 358 aa  243  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 339 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  42.38 
 
 		 375 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 375 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 375 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  40.48 
 
 		 341 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 417 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 364 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  38.83 
 
 		 362 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 339 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 382 aa  206  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 333 aa  205  8e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 336 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 400 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 348 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  39.09 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 386 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 348 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 386 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 348 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 335 aa  192  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  36.12 
 
 		 327 aa  192  7e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 373 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 337 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  32.74 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  35.1 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  34.14 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 342 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  35.26 
 
 		 356 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 343 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 341 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 353 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 348 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5976  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7688  transcriptional regulatory protein  32.4 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.636938  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2601  putative transcriptional regulator  32.54 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0251856 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 		 353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5513  putative AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 348 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>