More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2150 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  96.12 
 
 		 362 aa  646    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  682    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  96.12 
 
 		 362 aa  647    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  88.06 
 
 		 336 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 358 aa  296  4e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  43.71 
 
 		 352 aa  268  8e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 336 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 339 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 342 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 348 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  39.46 
 
 		 339 aa  222  6e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 334 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 338 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 353 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  38.25 
 
 		 347 aa  219  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  37.87 
 
 		 387 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 334 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 344 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 344 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 361 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  41.5 
 
 		 347 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 344 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 338 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 334 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 334 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 375 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 375 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  41.18 
 
 		 375 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  35.17 
 
 		 338 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  35.17 
 
 		 338 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 356 aa  208  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  37.54 
 
 		 345 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  37.73 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  37.61 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 362 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  40.72 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 340 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 344 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  35.47 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  36.47 
 
 		 340 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 417 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 340 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 327 aa  198  9e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 333 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  37.99 
 
 		 333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 364 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 400 aa  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  33.23 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  35.76 
 
 		 335 aa  172  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 327 aa  172  6.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  36.43 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 341 aa  165  8e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  33.24 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 338 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  30.09 
 
 		 353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 373 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 386 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 386 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 348 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 375 aa  143  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 352 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 348 aa  138  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 		 358 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 342 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 361 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 356 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4692  transcriptional regulator, AraC family  39.01 
 
 		 194 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0662  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5513  putative AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 331 aa  116  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 344 aa  116  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>