More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3659 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 417 aa  857    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  94.72 
 
 		 341 aa  662    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  56.63 
 
 		 338 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  56.63 
 
 		 342 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 348 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  51.5 
 
 		 339 aa  360  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  41.64 
 
 		 338 aa  272  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  41.64 
 
 		 338 aa  272  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  41.95 
 
 		 387 aa  266  7e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 336 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 353 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  39.63 
 
 		 345 aa  250  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 356 aa  249  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  38.97 
 
 		 352 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  38.21 
 
 		 347 aa  239  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 344 aa  239  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 344 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 344 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 344 aa  239  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 344 aa  239  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 344 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 361 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 358 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 338 aa  235  9e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  39.1 
 
 		 375 aa  235  9e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 353 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  40.56 
 
 		 330 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 339 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  39.4 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  38.68 
 
 		 347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  38.98 
 
 		 330 aa  233  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 362 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 338 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 327 aa  220  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  40.14 
 
 		 344 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  38.87 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  36.99 
 
 		 330 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 340 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 339 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  36.94 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 338 aa  213  7e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 334 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 334 aa  211  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 334 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 334 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 334 aa  210  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 362 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  36.51 
 
 		 362 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 336 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 339 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 333 aa  190  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 327 aa  187  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 364 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 335 aa  173  5.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 400 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 382 aa  167  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 348 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 373 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 375 aa  162  8.000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 348 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 355 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 386 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 348 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 337 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 342 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 323 aa  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  29.57 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  31.05 
 
 		 358 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  30.75 
 
 		 356 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 361 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7688  transcriptional regulatory protein  30.74 
 
 		 338 aa  123  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.636938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4692  transcriptional regulator, AraC family  34.97 
 
 		 194 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2601  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 342 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0251856 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  26.97 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>