More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3753 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 362 aa  728    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  97.79 
 
 		 362 aa  712    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  96.12 
 
 		 339 aa  646    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  88.66 
 
 		 336 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  47.03 
 
 		 358 aa  296  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  43.84 
 
 		 352 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 339 aa  243  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 338 aa  242  7e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 342 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  39.23 
 
 		 339 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 334 aa  227  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  38.91 
 
 		 347 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  41.93 
 
 		 353 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  43.16 
 
 		 347 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 361 aa  224  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 338 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 339 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 334 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  38.21 
 
 		 387 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 334 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 338 aa  216  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 344 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 344 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 344 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  41.5 
 
 		 375 aa  215  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 375 aa  215  9e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 375 aa  215  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 344 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  38.91 
 
 		 341 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 344 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 344 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  37.69 
 
 		 330 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 338 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  39.21 
 
 		 344 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 330 aa  212  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 356 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  37.39 
 
 		 330 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  40.85 
 
 		 375 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 345 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 362 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 327 aa  207  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 417 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 340 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 382 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 340 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  35.67 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  38.92 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 336 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  38.32 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 400 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 		 337 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 327 aa  176  8e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  36.06 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  36.43 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 308 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 335 aa  167  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  32.22 
 
 		 338 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 355 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 373 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 348 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  31.99 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 343 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 348 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 386 aa  149  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 386 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 375 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 348 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 361 aa  143  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 358 aa  140  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  34.75 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 342 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 344 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 366 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4692  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 194 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 338 aa  125  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 341 aa  123  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7688  transcriptional regulatory protein  30.13 
 
 		 338 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.636938  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5513  putative AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 348 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>