More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6223 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 339 aa  691    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  64.94 
 
 		 348 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  63.86 
 
 		 338 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  64.46 
 
 		 342 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 417 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  50.9 
 
 		 341 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  44.24 
 
 		 387 aa  293  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 353 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 344 aa  288  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  42.73 
 
 		 345 aa  288  8e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 344 aa  288  9e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  43.16 
 
 		 338 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  43.16 
 
 		 338 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 356 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 362 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 375 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  44.74 
 
 		 375 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 375 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  45.8 
 
 		 330 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  43.65 
 
 		 347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 336 aa  269  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 361 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 353 aa  268  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 338 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  47 
 
 		 341 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  45.8 
 
 		 347 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  44.98 
 
 		 330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  43.24 
 
 		 375 aa  262  6e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  44.88 
 
 		 344 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 336 aa  255  7e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 338 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  40.9 
 
 		 340 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  41.23 
 
 		 330 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 340 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 352 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 338 aa  250  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 334 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 340 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 334 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 334 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 339 aa  249  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 327 aa  248  9e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 334 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 358 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  39.68 
 
 		 362 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 362 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  40.37 
 
 		 340 aa  229  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 336 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 339 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  36.04 
 
 		 333 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 382 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 348 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 386 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 386 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 348 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 352 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  35.93 
 
 		 333 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 364 aa  192  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 348 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 400 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 373 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  37.09 
 
 		 335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  35.89 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 341 aa  176  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  31.9 
 
 		 338 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  30.86 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 355 aa  168  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 342 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 375 aa  159  7e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 331 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  32.36 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 361 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 348 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 353 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 358 aa  142  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 356 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>