More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3459 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  682    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  82.58 
 
 		 340 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  80.48 
 
 		 340 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  79.58 
 
 		 340 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  67.76 
 
 		 338 aa  474  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  53.94 
 
 		 361 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 353 aa  345  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  43.29 
 
 		 344 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  43.29 
 
 		 341 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  42.12 
 
 		 339 aa  255  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  43.29 
 
 		 330 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  42.38 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  45.07 
 
 		 347 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 342 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 338 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 		 347 aa  247  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  39.09 
 
 		 330 aa  242  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 336 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 344 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 344 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 344 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  39.63 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 338 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 338 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 344 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 344 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 344 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 356 aa  235  8e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 348 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  38.18 
 
 		 387 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  37.88 
 
 		 345 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 338 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 353 aa  229  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 362 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  38.41 
 
 		 375 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 338 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 339 aa  225  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  38.6 
 
 		 341 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 339 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 417 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 334 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  40.42 
 
 		 340 aa  208  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  35.93 
 
 		 352 aa  202  9e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 358 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 362 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 		 362 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 339 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  35.69 
 
 		 375 aa  182  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 386 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 348 aa  179  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 386 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 373 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 348 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  33.84 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  33.74 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 333 aa  170  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 331 aa  162  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  34.33 
 
 		 358 aa  162  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  29.36 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 364 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 327 aa  156  4e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 342 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 323 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 361 aa  153  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 342 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 338 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 353 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  30.62 
 
 		 353 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  34.25 
 
 		 353 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2601  putative transcriptional regulator  28.27 
 
 		 342 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0251856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 353 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 344 aa  132  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4692  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 194 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>