More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2601 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2601  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  702    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0251856 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 331 aa  285  9e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 341 aa  235  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 335 aa  232  9e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 343 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 323 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 337 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 373 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 348 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  34.27 
 
 		 358 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 338 aa  152  8e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 327 aa  152  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 355 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 344 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 375 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 364 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  31.21 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  31.19 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 331 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 336 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  30.31 
 
 		 347 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 353 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 334 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  31.16 
 
 		 347 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  30.38 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 338 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 338 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 338 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  28.79 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  26.44 
 
 		 340 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 342 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7688  transcriptional regulatory protein  30.42 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.636938  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 334 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 341 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 340 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 337 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 344 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5513  putative AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 348 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 344 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 331 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  29.04 
 
 		 339 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 356 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 342 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  29.12 
 
 		 353 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 344 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4692  transcriptional regulator, AraC family  36.41 
 
 		 194 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  28.97 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  29.07 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 353 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4164  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  28.91 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 362 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5976  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 324 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  30.69 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 362 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>