More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3102 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 330 aa  660    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  88.18 
 
 		 330 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  70.46 
 
 		 347 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  63 
 
 		 347 aa  421  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  61.04 
 
 		 341 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  59.94 
 
 		 344 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  57.54 
 
 		 338 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  57.36 
 
 		 339 aa  371  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  57.27 
 
 		 334 aa  371  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 334 aa  371  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  57.06 
 
 		 334 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 327 aa  363  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  54.32 
 
 		 330 aa  361  1e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 334 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  54.91 
 
 		 334 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  54.91 
 
 		 334 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  57.62 
 
 		 340 aa  348  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 336 aa  287  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 348 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 338 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 342 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  44.98 
 
 		 339 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  44.71 
 
 		 387 aa  263  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 353 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  43.5 
 
 		 345 aa  260  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 338 aa  256  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 356 aa  255  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  41.39 
 
 		 338 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  41.39 
 
 		 338 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 336 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 344 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 344 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 344 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 353 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 344 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 344 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 361 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 344 aa  248  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 338 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 340 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 340 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  40.24 
 
 		 340 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  42.68 
 
 		 375 aa  241  9e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  43.07 
 
 		 352 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  42.38 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 362 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 358 aa  238  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 339 aa  236  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  38.96 
 
 		 341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 417 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 364 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  36.78 
 
 		 362 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 333 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 400 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  38.79 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 352 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 373 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 348 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 348 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 386 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 386 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 338 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 		 337 aa  173  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  32.92 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 355 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  35.76 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 361 aa  164  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 341 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 343 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 342 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  32.42 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  32.34 
 
 		 348 aa  142  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 337 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4692  transcriptional regulator, AraC family  39.06 
 
 		 194 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5976  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2601  putative transcriptional regulator  31.19 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0251856 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>