More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2560 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  712    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 337 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 353 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 334 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 349 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 344 aa  119  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 341 aa  115  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 358 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 347 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.48 
 
 		 345 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 347 aa  110  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 345 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 347 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  24.39 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 352 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 345 aa  99.4  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 348 aa  99.4  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  26.6 
 
 		 348 aa  97.1  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05257  hypothetical protein  27.33 
 
 		 332 aa  96.7  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  25.55 
 
 		 330 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  28.62 
 
 		 330 aa  96.3  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 333 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 327 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 375 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.02 
 
 		 337 aa  94  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  26.8 
 
 		 343 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 359 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 348 aa  93.6  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 340 aa  93.2  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 333 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 358 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 358 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 345 aa  90.9  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 375 aa  90.1  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 351 aa  90.1  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 336 aa  90.1  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 342 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 365 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 338 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 344 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  27.16 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  24.01 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  25.78 
 
 		 339 aa  87.8  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 335 aa  87.4  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 396 aa  87.4  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 353 aa  86.3  6e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  31.93 
 
 		 288 aa  86.7  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 335 aa  85.9  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  24.53 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6033  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.695454 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5669  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6523  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 329 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317039 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  24.52 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  21.66 
 
 		 344 aa  84  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  25.4 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  25.55 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  24.2 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 339 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 339 aa  82.4  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 336 aa  82.4  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  25.99 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  22.65 
 
 		 341 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 359 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  31.05 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 333 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 343 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  26.07 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 364 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>