More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3409 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  696    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 336 aa  179  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 341 aa  123  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 353 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 341 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 333 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  28.84 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  29.57 
 
 		 348 aa  113  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 337 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  27.42 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 330 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 337 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 336 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  27.3 
 
 		 335 aa  102  9e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 358 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 338 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 349 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 352 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 		 340 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  28.35 
 
 		 339 aa  99.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 198 aa  99.8  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 333 aa  99.8  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 343 aa  99.4  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 343 aa  99.4  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 347 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 369 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 364 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  25.65 
 
 		 343 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 340 aa  97.4  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 345 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 341 aa  96.7  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  32.97 
 
 		 330 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05257  hypothetical protein  25.25 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 330 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 396 aa  94.4  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  27.24 
 
 		 365 aa  94.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  26.95 
 
 		 343 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 342 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 344 aa  94.4  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 348 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 382 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 366 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03349  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 		 347 aa  93.6  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 344 aa  93.2  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 355 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 343 aa  93.2  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  27.31 
 
 		 337 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 357 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 366 aa  92.8  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.9 
 
 		 343 aa  92.4  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 344 aa  92.4  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 350 aa  92  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 337 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 366 aa  90.9  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 344 aa  90.5  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  25.94 
 
 		 366 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.26 
 
 		 345 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 366 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2480  transcriptional regulator, AraC family  30.05 
 
 		 336 aa  89.4  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  22.39 
 
 		 335 aa  89.4  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 375 aa  89.4  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 336 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 347 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 362 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 331 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 344 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 346 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 363 aa  87.4  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 341 aa  87  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 351 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  21.78 
 
 		 335 aa  86.3  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 365 aa  85.9  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 342 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4184  helix-turn-helix domain-containing protein  26.12 
 
 		 341 aa  85.9  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26598  normal  0.842889 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  22.71 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  25.87 
 
 		 346 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 359 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 386 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>