More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4603 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 87 aa  183  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  74.39 
 
 		 302 aa  133  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  57.14 
 
 		 300 aa  103  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  58.33 
 
 		 303 aa  102  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  55.42 
 
 		 298 aa  99  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  55.42 
 
 		 312 aa  94  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.81 
 
 		 311 aa  94  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  55.42 
 
 		 305 aa  93.6  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  52.38 
 
 		 295 aa  92  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  54.22 
 
 		 304 aa  92.4  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  55.42 
 
 		 306 aa  92  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  51.81 
 
 		 306 aa  91.3  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  51.22 
 
 		 297 aa  91.3  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  54.22 
 
 		 302 aa  90.5  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  57.69 
 
 		 305 aa  89.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  58.02 
 
 		 305 aa  90.1  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  51.85 
 
 		 305 aa  89.4  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 301 aa  88.6  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 304 aa  89.4  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  57.69 
 
 		 304 aa  89.4  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  54.22 
 
 		 306 aa  88.2  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  48.81 
 
 		 300 aa  88.2  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  53.09 
 
 		 306 aa  87.8  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  47.62 
 
 		 298 aa  87.4  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  54.22 
 
 		 306 aa  87.8  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  51.95 
 
 		 303 aa  87  7e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  50.62 
 
 		 306 aa  87  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  50.62 
 
 		 295 aa  86.7  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  53.01 
 
 		 305 aa  86.7  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  54.22 
 
 		 302 aa  85.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  53.01 
 
 		 300 aa  84.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  50.62 
 
 		 307 aa  84.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  48.19 
 
 		 306 aa  84.7  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  50.63 
 
 		 305 aa  84.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  45.78 
 
 		 305 aa  84.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  49.38 
 
 		 303 aa  84  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  46.84 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  50.6 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  46.51 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  49.4 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  49.38 
 
 		 304 aa  78.2  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  51.25 
 
 		 304 aa  78.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 303 aa  77.8  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  45.68 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  42.17 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 		 314 aa  74.7  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  48.15 
 
 		 307 aa  74.7  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  45.57 
 
 		 304 aa  74.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 305 aa  73.9  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  44.3 
 
 		 301 aa  74.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  45.57 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 307 aa  72  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  46.15 
 
 		 297 aa  72  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 		 304 aa  70.5  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 		 302 aa  70.1  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  41.98 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  44.87 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 312 aa  67  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 305 aa  67  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  40 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  41.03 
 
 		 283 aa  65.5  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  41.25 
 
 		 286 aa  65.1  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 550 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 485 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.59 
 
 		 283 aa  64.7  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 331 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 331 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  37.5 
 
 		 337 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 337 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 342 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 303 aa  63.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4141  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0368552 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  41.03 
 
 		 289 aa  63.5  0.0000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1337  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 600 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.477585 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3855  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 313 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4513  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 313 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.24786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5791  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.29 
 
 		 325 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  43.04 
 
 		 297 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 280 aa  61.6  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 336 aa  62  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 300 aa  62  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 299 aa  61.2  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 		 320 aa  61.2  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 280 aa  61.2  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>