More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6120 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 291 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  46.88 
 
 		 281 aa  271  1e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.92 
 
 		 259 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 294 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 294 aa  92  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 279 aa  89  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  26.04 
 
 		 308 aa  85.5  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 		 293 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3169  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.7 
 
 		 273 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.926354 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  22.18 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  24.57 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 278 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  24.13 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.09 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  34.23 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  28.9 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  37 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  22.53 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3096  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.366625  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  27.75 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  22.52 
 
 		 295 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 274 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3025  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3551  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.427792  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  32.73 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1294  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 269 aa  64.3  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  29.94 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.74 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  37.78 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4826  helix-turn-helix domain-containing protein  23.9 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 281 aa  63.5  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  25.27 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  30.64 
 
 		 298 aa  62.4  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  33.96 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.87 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 351 aa  62  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  36.47 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.16 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  21.48 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.07 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  24.24 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.16 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.44 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>