More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5794 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 301 aa  633  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  45.17 
 
 		 259 aa  248  7e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 290 aa  108  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 289 aa  99  8e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 307 aa  99.4  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4826  helix-turn-helix domain-containing protein  25.59 
 
 		 296 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 310 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  95.5  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  32.68 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  27.92 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 312 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  23.84 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 311 aa  89.4  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 282 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 285 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  23.21 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 315 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  26.47 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 319 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 274 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  25.83 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.2 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  21.65 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  22.59 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  25.5 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 283 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  24 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25.39 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.78 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  23.32 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  23.3 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>