More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2032 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  100 
 
 		 310 aa  644    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  97.73 
 
 		 310 aa  631  1e-180  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  88.36 
 
 		 316 aa  550  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  83.44 
 
 		 310 aa  542  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  83.44 
 
 		 310 aa  542  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  81.15 
 
 		 314 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  89.73 
 
 		 305 aa  540  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  82.79 
 
 		 310 aa  536  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  58.26 
 
 		 325 aa  363  1e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.44 
 
 		 309 aa  322  6e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.44 
 
 		 292 aa  322  6e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  57.44 
 
 		 292 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  57.44 
 
 		 292 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  57.44 
 
 		 292 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.44 
 
 		 292 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.44 
 
 		 292 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.44 
 
 		 292 aa  321  9.000000000000001e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  58.7 
 
 		 281 aa  319  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.97 
 
 		 281 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.97 
 
 		 281 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.97 
 
 		 281 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.97 
 
 		 281 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.97 
 
 		 281 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  56.88 
 
 		 280 aa  317  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  43.59 
 
 		 294 aa  249  4e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  38.79 
 
 		 242 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  33.2 
 
 		 279 aa  125  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0066  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  27.78 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  32 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 430 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 506 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  35.45 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  35.45 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  35.45 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  35.45 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  35.45 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.08 
 
 		 537 aa  75.9  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 513 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 259 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 411 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  36.79 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.14 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 533 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.21 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  36.46 
 
 		 530 aa  73.9  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  34.09 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  36.73 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  33.03 
 
 		 334 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  33.03 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 503 aa  72  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 440 aa  72.4  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 548 aa  72  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.69 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 515 aa  71.2  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  30.43 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 550 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  29.68 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  33.02 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3823  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 485 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 1201 aa  70.1  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 331 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 331 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  26.82 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  41.3 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5642  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 392 aa  69.7  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  28.35 
 
 		 286 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 359 aa  69.3  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0730  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 268 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000385534  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  23.37 
 
 		 300 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  33.05 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 409 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  21.9 
 
 		 745 aa  68.6  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>