More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6699 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
303 aa  628  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  55.56 
 
 
306 aa  344  8.999999999999999e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  54.58 
 
 
306 aa  331  9e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  51.97 
 
 
304 aa  322  3e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  48.52 
 
 
305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  50.66 
 
 
312 aa  306  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  49.67 
 
 
306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.7 
 
 
311 aa  297  1e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  47.02 
 
 
304 aa  297  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  46.91 
 
 
302 aa  295  5e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  47.71 
 
 
305 aa  295  8e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  48.18 
 
 
302 aa  293  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  47.52 
 
 
306 aa  293  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  46.18 
 
 
306 aa  293  3e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  49.49 
 
 
301 aa  293  3e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  47.85 
 
 
306 aa  292  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  48.99 
 
 
306 aa  291  7e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  46.56 
 
 
302 aa  290  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  46.51 
 
 
304 aa  290  2e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  47.81 
 
 
304 aa  289  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  47.37 
 
 
304 aa  287  1e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  46.89 
 
 
306 aa  285  5.999999999999999e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.17 
 
 
299 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  47.52 
 
 
305 aa  281  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  46.31 
 
 
303 aa  280  3e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  45.82 
 
 
301 aa  276  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  46.86 
 
 
300 aa  276  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  43.89 
 
 
304 aa  275  6e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  44.26 
 
 
305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  45.82 
 
 
307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 
305 aa  271  8.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  45.33 
 
 
305 aa  271  9e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  44.92 
 
 
308 aa  268  7e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 
305 aa  265  8e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  43.56 
 
 
307 aa  265  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  42.14 
 
 
302 aa  251  8.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  41.47 
 
 
305 aa  245  6e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  43.33 
 
 
304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 
303 aa  241  9e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  44.24 
 
 
297 aa  238  8e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  42.65 
 
 
298 aa  235  9e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  40.36 
 
 
298 aa  228  1e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 
300 aa  225  7e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  39.12 
 
 
295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  40.5 
 
 
300 aa  216  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  38.33 
 
 
303 aa  210  2e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 
305 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  39.57 
 
 
295 aa  209  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  38.31 
 
 
303 aa  208  8e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 
314 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 
303 aa  92.8  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 
289 aa  92.4  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 
312 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  29.08 
 
 
307 aa  87.8  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 
299 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  33.92 
 
 
301 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  49.38 
 
 
87 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.37 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  26.1 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 
115 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.71 
 
 
259 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  25.73 
 
 
305 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  34.27 
 
 
283 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.64 
 
 
283 aa  77.8  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 
300 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 
297 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 
299 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  23.95 
 
 
309 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 
302 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 
295 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 
299 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 
309 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  31.69 
 
 
295 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 
297 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 
314 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
300 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 
285 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 
296 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  29.49 
 
 
293 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 
282 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 
303 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 
293 aa  69.3  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 
294 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  23.15 
 
 
289 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  40.7 
 
 
308 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 
289 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  32.67 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 
286 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
295 aa  65.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 
296 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 
309 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 
292 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 
290 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  36.89 
 
 
302 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 
279 aa  64.7  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>