More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2696 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 302 aa  630  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  57.58 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  57.58 
 
 		 314 aa  359  4e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  38.16 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  28.91 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 309 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.31 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 293 aa  102  6e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  28.79 
 
 		 307 aa  99.4  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 319 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 311 aa  89.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  26.22 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  21.97 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  23.18 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  25.67 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.53 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.2 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  23.26 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  24.31 
 
 		 266 aa  75.9  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  24.22 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 		 773 aa  75.1  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.1 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  22.78 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  24.81 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  22.14 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.77 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  21.76 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  21.34 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  23.38 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  23.83 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  23.48 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  23.18 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  41.98 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  21.23 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  21.37 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 		 87 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>