More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2958 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 297 aa  616  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  57.24 
 
 		 293 aa  364  1e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  59.07 
 
 		 279 aa  351  8.999999999999999e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 293 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 274 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 285 aa  129  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  32.71 
 
 		 282 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 285 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 279 aa  112  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 299 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 		 283 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 290 aa  94.7  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 282 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  42.2 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 290 aa  90.9  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 313 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 283 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  41.51 
 
 		 286 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  31.42 
 
 		 278 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  44.12 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  27.84 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  28.97 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.66 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.73 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.85 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  46.91 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  32.14 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  23.6 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  25.38 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 309 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.73 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1737  transcriptional regulator, AraC family  40.22 
 
 		 266 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  34.07 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4316  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131308  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  38.68 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>