More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2115 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 279 aa  578  1e-164  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  59.07 
 
 		 297 aa  351  8e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  56.63 
 
 		 293 aa  333  3e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  32.44 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 274 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  31.06 
 
 		 282 aa  105  8e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 290 aa  98.2  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 289 aa  95.5  8e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 289 aa  92  9e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  40.83 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 285 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  23.2 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 283 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 280 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  36.48 
 
 		 310 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 294 aa  85.5  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 289 aa  85.5  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 283 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 280 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 259 aa  80.9  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  27.51 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  41.35 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 284 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.56 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  31.6 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4316  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131308  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  23.39 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  26.69 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.59 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  36.04 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.59 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.59 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  24.41 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.59 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.59 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  41.76 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 329 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  35.78 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  31.27 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2771  transcriptional regulator, AraC family  29.24 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.698515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  33.08 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>