More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3804 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 301 aa  615  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  52.53 
 
 		 297 aa  325  4.0000000000000003e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  53.16 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  52.01 
 
 		 300 aa  311  5.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  55.51 
 
 		 295 aa  311  9e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  48.48 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  47.08 
 
 		 307 aa  258  8e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 320 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  42.52 
 
 		 300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  45.59 
 
 		 289 aa  252  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  40.2 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  44.14 
 
 		 292 aa  247  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 303 aa  246  4e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  43.92 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  39.46 
 
 		 328 aa  223  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  43.35 
 
 		 283 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.67 
 
 		 283 aa  208  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  39.35 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  39.64 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  37.75 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  35.5 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  38.22 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  39.38 
 
 		 188 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 302 aa  135  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  30.55 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  28.08 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 289 aa  96.7  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 310 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 293 aa  92.4  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 305 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  26.45 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 293 aa  86.3  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 304 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 303 aa  85.5  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  33.92 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 280 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  26.16 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  40.35 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.2 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  27.19 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  25.18 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.52 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.4 
 
 		 259 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  24.65 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  44.3 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  43.9 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 293 aa  75.5  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 315 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  24.25 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  44.3 
 
 		 87 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>