More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4132 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 299 aa  629  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 289 aa  296  3e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  52.94 
 
 		 292 aa  288  6e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  53.7 
 
 		 283 aa  288  7e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  53.57 
 
 		 289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  43.4 
 
 		 303 aa  268  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  47 
 
 		 300 aa  262  6e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  45.56 
 
 		 297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  46.45 
 
 		 328 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 		 309 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  48.05 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 		 320 aa  238  6.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  44.31 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  43.39 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  43.64 
 
 		 297 aa  228  7e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  41.63 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.46 
 
 		 283 aa  225  9e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  44.14 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  41.15 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  41.76 
 
 		 289 aa  196  6e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  38.13 
 
 		 319 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 314 aa  119  9e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  37.14 
 
 		 188 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 307 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 313 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 290 aa  90.1  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 310 aa  89.7  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 290 aa  89  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  27.23 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.11 
 
 		 259 aa  86.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 289 aa  86.3  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  27.2 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  30.3 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.77 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 284 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  29.38 
 
 		 285 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  26.84 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  25.99 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.54 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 279 aa  72  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  25.19 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  47.37 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25.1 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.01 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4826  helix-turn-helix domain-containing protein  29.57 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 290 aa  68.9  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>