More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3135 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 307 aa  632  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  54.73 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 305 aa  308  6.999999999999999e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  52.19 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  47.7 
 
 		 306 aa  305  6e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  52.22 
 
 		 304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  49.83 
 
 		 306 aa  301  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  48.66 
 
 		 305 aa  295  8e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  46.1 
 
 		 307 aa  291  9e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  49.84 
 
 		 301 aa  291  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  48.5 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  47.83 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  47.14 
 
 		 306 aa  277  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  48.48 
 
 		 306 aa  278  1e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  48.65 
 
 		 306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  47.96 
 
 		 302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  45.82 
 
 		 303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  46.46 
 
 		 302 aa  273  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  47.96 
 
 		 306 aa  272  5.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  46.96 
 
 		 302 aa  271  9e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  48.3 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  46.78 
 
 		 311 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  44.74 
 
 		 305 aa  268  8e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.26 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  44.12 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  44.88 
 
 		 312 aa  266  4e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  46.69 
 
 		 304 aa  265  1e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  45.12 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  45.67 
 
 		 300 aa  259  3e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  43.73 
 
 		 305 aa  251  9.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  45.08 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  42.05 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  44.41 
 
 		 303 aa  247  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  44.18 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  44.3 
 
 		 304 aa  242  7e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  40.97 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  42.07 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  41.5 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  42.5 
 
 		 297 aa  228  9e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  41.52 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  38.49 
 
 		 303 aa  223  2e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  37.88 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 295 aa  215  8e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  38.64 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 312 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  50.62 
 
 		 87 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  26.45 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  43.02 
 
 		 115 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  26.84 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  22.05 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  24.59 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.36 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 320 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  24.9 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  21.92 
 
 		 326 aa  65.9  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  30.63 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>