More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2714 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 308 aa  632  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  60.8 
 
 		 306 aa  374  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  61.43 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  57.48 
 
 		 306 aa  363  1e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  57.05 
 
 		 306 aa  358  5e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  58.09 
 
 		 304 aa  357  9e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 301 aa  356  1.9999999999999998e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  55.78 
 
 		 302 aa  351  1e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  54.76 
 
 		 304 aa  333  3e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  51.16 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  53.72 
 
 		 302 aa  326  4.0000000000000003e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  55.22 
 
 		 305 aa  325  7e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  54.15 
 
 		 302 aa  324  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  51.17 
 
 		 303 aa  319  3.9999999999999996e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  49.66 
 
 		 306 aa  315  5e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  52 
 
 		 305 aa  315  5e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  52.01 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  49.84 
 
 		 306 aa  304  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  48.79 
 
 		 304 aa  298  7e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.84 
 
 		 311 aa  292  5e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  45.93 
 
 		 304 aa  278  7e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  46.51 
 
 		 307 aa  278  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  48.46 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  46.41 
 
 		 312 aa  276  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  47.84 
 
 		 305 aa  275  5e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  48.64 
 
 		 306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  44.97 
 
 		 305 aa  272  5.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  46.26 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  44.92 
 
 		 303 aa  268  7e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  46.46 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 		 304 aa  262  6.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  41.55 
 
 		 305 aa  254  9e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  42.05 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  44.41 
 
 		 305 aa  251  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  43.62 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  43.2 
 
 		 300 aa  248  8e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  43.81 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 298 aa  241  9e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  42.57 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  42.81 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  40.14 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  43.01 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  41.01 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 		 303 aa  201  9e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.97 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.55 
 
 		 259 aa  87  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  45.68 
 
 		 87 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 115 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  21.55 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  24.47 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.17 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  38.05 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  21.84 
 
 		 290 aa  67  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  24.35 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  23.49 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.12 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  23.73 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3661  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0868  AraC family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 513 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>