More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4380 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 304 aa  624  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  56.67 
 
 		 303 aa  365  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  54.52 
 
 		 306 aa  358  8e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  57.63 
 
 		 306 aa  354  1e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  57.77 
 
 		 304 aa  354  1e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 301 aa  348  4e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  54.85 
 
 		 306 aa  343  1e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  54.36 
 
 		 305 aa  339  4e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  54.64 
 
 		 305 aa  338  5.9999999999999996e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  55.85 
 
 		 299 aa  333  2e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  53.14 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  53.69 
 
 		 300 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  53.04 
 
 		 302 aa  325  6e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  52.17 
 
 		 302 aa  323  3e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 		 304 aa  312  4.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  49.5 
 
 		 302 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 306 aa  304  2.0000000000000002e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  48.79 
 
 		 308 aa  298  7e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  48.99 
 
 		 306 aa  291  9e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  47.81 
 
 		 303 aa  289  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  47.71 
 
 		 312 aa  288  7e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  48.99 
 
 		 306 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  47.99 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  49.47 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  47.99 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.25 
 
 		 311 aa  278  6e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  45.61 
 
 		 307 aa  276  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  47.32 
 
 		 305 aa  276  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  45.64 
 
 		 306 aa  271  9e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  45.9 
 
 		 301 aa  269  4e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  44.67 
 
 		 305 aa  268  8e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  43.96 
 
 		 305 aa  262  4e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  44.63 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  42.47 
 
 		 306 aa  254  9e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 302 aa  249  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  43.88 
 
 		 303 aa  245  8e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  44.3 
 
 		 307 aa  242  7e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  42.33 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 305 aa  211  9e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  42.29 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  38.93 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  38.51 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  57.69 
 
 		 87 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.11 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  40.48 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  40.48 
 
 		 289 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  31.06 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  23.69 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  37.78 
 
 		 290 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  31.62 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 773 aa  67.4  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 293 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>