More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6274 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
305 aa  627  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  60.13 
 
 
304 aa  370  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  58.67 
 
 
299 aa  364  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  58.36 
 
 
306 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  56.86 
 
 
306 aa  361  1e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  54.43 
 
 
301 aa  358  8e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  59.26 
 
 
306 aa  357  9.999999999999999e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  56.29 
 
 
302 aa  355  3.9999999999999996e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  56.54 
 
 
302 aa  350  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  55.89 
 
 
303 aa  350  2e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  56.44 
 
 
300 aa  349  3e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  55.74 
 
 
302 aa  346  3e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  57.28 
 
 
305 aa  340  2e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  54.36 
 
 
304 aa  339  4e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  55.85 
 
 
304 aa  334  1e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  54.43 
 
 
305 aa  330  1e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  51.16 
 
 
308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  52.16 
 
 
306 aa  319  3.9999999999999996e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  51.83 
 
 
306 aa  305  6e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.01 
 
 
311 aa  291  1e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  47.73 
 
 
306 aa  280  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  48.21 
 
 
312 aa  280  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  47.08 
 
 
306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 
303 aa  271  8.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  45.51 
 
 
305 aa  271  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 
307 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  45.21 
 
 
306 aa  265  8.999999999999999e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  46.49 
 
 
305 aa  263  4e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  47.19 
 
 
304 aa  262  4.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  44.74 
 
 
304 aa  260  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 
305 aa  259  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  45.6 
 
 
301 aa  256  4e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  45.61 
 
 
300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  44.08 
 
 
304 aa  252  4.0000000000000004e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  43.73 
 
 
307 aa  251  9.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  43.67 
 
 
305 aa  248  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  44.26 
 
 
302 aa  245  6.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  42.27 
 
 
298 aa  241  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  40.07 
 
 
305 aa  238  1e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  42.76 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  40.33 
 
 
303 aa  231  2e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  42.6 
 
 
303 aa  230  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  40.14 
 
 
295 aa  222  6e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  38.98 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 
295 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 
305 aa  209  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  36.91 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  55.42 
 
 
87 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 
296 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 
295 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 
286 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  24.28 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 
297 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.63 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.4 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 
297 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 
293 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 
286 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 
293 aa  72.4  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 
301 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 
115 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  22.55 
 
 
307 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  25.75 
 
 
305 aa  69.3  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
280 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 
289 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 
309 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 
302 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 
311 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  23.87 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  23.37 
 
 
302 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  38.94 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 
285 aa  67.4  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.46 
 
 
288 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 
299 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  38.94 
 
 
307 aa  67  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 
299 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 
773 aa  66.6  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  25.38 
 
 
289 aa  66.6  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 
288 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 
295 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  36.28 
 
 
305 aa  66.2  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  23.18 
 
 
289 aa  65.9  0.0000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 
290 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 
290 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 
314 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  33.63 
 
 
303 aa  64.3  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 
297 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 
295 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 
289 aa  63.9  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  22.36 
 
 
286 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 
296 aa  63.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 
284 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>