More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5133 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 307 aa  637    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  53.75 
 
 		 305 aa  336  2.9999999999999997e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  52.7 
 
 		 306 aa  325  7e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  51.02 
 
 		 304 aa  322  5e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  50.98 
 
 		 306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  51.52 
 
 		 304 aa  315  7e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  51.01 
 
 		 306 aa  311  6.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 301 aa  311  7.999999999999999e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  50.81 
 
 		 304 aa  310  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  49.83 
 
 		 306 aa  309  2.9999999999999997e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 306 aa  308  9e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  51.95 
 
 		 306 aa  305  8.000000000000001e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  49.5 
 
 		 306 aa  293  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  48.99 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  49.66 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  45.67 
 
 		 304 aa  291  7e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  46.1 
 
 		 307 aa  291  9e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  48.31 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  49.35 
 
 		 306 aa  290  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  49.16 
 
 		 311 aa  289  3e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  46.71 
 
 		 303 aa  289  3e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 		 312 aa  288  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 302 aa  285  9e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  47.44 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  43.73 
 
 		 305 aa  278  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  46.51 
 
 		 308 aa  278  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  45.61 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  47.6 
 
 		 305 aa  276  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.81 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  47.35 
 
 		 300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  47.02 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  43.56 
 
 		 303 aa  265  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  45.49 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  43.73 
 
 		 298 aa  237  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  42.14 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  40.92 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  39.87 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 303 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  41.3 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  38.26 
 
 		 303 aa  213  4.9999999999999996e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  38.57 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 		 303 aa  198  7.999999999999999e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  44.3 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  22.18 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  41.77 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.71 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.72 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.55 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  29.65 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 87 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  33.82 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  38.55 
 
 		 321 aa  69.7  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  40.48 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  24.55 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  24.27 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  28.83 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  38.82 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  43.04 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  24.33 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 279 aa  67  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 263 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>