More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6134 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  623  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  49.02 
 
 		 305 aa  301  9e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  48.52 
 
 		 306 aa  290  1e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  49.18 
 
 		 306 aa  288  6e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.48 
 
 		 311 aa  287  1e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 304 aa  286  2e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  47.52 
 
 		 303 aa  281  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  47.84 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  46.33 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 301 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  47.68 
 
 		 312 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  47.99 
 
 		 302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  47.71 
 
 		 306 aa  268  5.9999999999999995e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  44.67 
 
 		 304 aa  268  8e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  46.82 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  45.28 
 
 		 304 aa  267  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  48.18 
 
 		 300 aa  265  5e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  46 
 
 		 302 aa  265  8.999999999999999e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  46.96 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  46.41 
 
 		 306 aa  264  2e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  46.46 
 
 		 306 aa  264  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  47.89 
 
 		 306 aa  259  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  45.3 
 
 		 306 aa  258  9e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  44.72 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  45.61 
 
 		 304 aa  255  6e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  44.66 
 
 		 306 aa  254  9e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  43.89 
 
 		 305 aa  252  7e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  44.41 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  42.95 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.3 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  40.92 
 
 		 301 aa  242  6e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  40.97 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  42.37 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  42.33 
 
 		 302 aa  225  8e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  41.95 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  37.88 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  38.93 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  40.07 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  38.51 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  40.07 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  38.77 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  38.79 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  57.69 
 
 		 87 aa  89.7  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  25.18 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  26.01 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.64 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  25.48 
 
 		 289 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  23.37 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  27.45 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  23.41 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  22.99 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 300 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  21.99 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 285 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 115 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  36.45 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  23.21 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  28.05 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  22.7 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  23.19 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  34.55 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  34.55 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  34.55 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  39.47 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>