More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0485 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 309 aa  640    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  68.85 
 
 		 307 aa  462  1e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  60.78 
 
 		 328 aa  396  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  54.58 
 
 		 300 aa  335  7.999999999999999e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  49.84 
 
 		 319 aa  333  3e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  50.81 
 
 		 302 aa  311  1e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  46.56 
 
 		 320 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  50.65 
 
 		 300 aa  297  1e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  50.16 
 
 		 300 aa  291  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  47.08 
 
 		 297 aa  286  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 303 aa  262  6e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  43.83 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  44.01 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  46.51 
 
 		 283 aa  247  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  43.19 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  43.22 
 
 		 289 aa  237  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  44.27 
 
 		 289 aa  236  5.0000000000000005e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  42.29 
 
 		 292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  41.11 
 
 		 309 aa  208  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.89 
 
 		 283 aa  194  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  36.98 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  37.4 
 
 		 289 aa  152  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  38.75 
 
 		 188 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 306 aa  89.7  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.06 
 
 		 259 aa  87.4  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 306 aa  85.9  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  31.21 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 286 aa  82.4  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  27.56 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 285 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  24.76 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  23.95 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  26.75 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 282 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 279 aa  74.3  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  25.4 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.69 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  22.18 
 
 		 280 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  45.57 
 
 		 87 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.18 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  31.98 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  41.77 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  42.5 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  44.58 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>