More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_4278 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
307 aa  630  1e-179  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  68.85 
 
 
309 aa  462  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  59.02 
 
 
328 aa  385  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  50.82 
 
 
319 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  50.98 
 
 
300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  49.35 
 
 
302 aa  300  2e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  51.48 
 
 
300 aa  297  2e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  49.48 
 
 
320 aa  294  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  48.69 
 
 
297 aa  292  4e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  50.49 
 
 
300 aa  291  8e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  43.32 
 
 
297 aa  266  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 
304 aa  261  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  47.08 
 
 
301 aa  258  9e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  44.37 
 
 
303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  45.53 
 
 
283 aa  238  8e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  44.32 
 
 
295 aa  237  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  44.31 
 
 
299 aa  235  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  44.53 
 
 
289 aa  231  8.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  46.25 
 
 
289 aa  231  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 
292 aa  229  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  42.41 
 
 
303 aa  225  9e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  38.65 
 
 
309 aa  196  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.04 
 
 
283 aa  195  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  35.27 
 
 
289 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 
314 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 
314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 
309 aa  109  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 
305 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  35.44 
 
 
188 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  28.73 
 
 
312 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 
302 aa  99.4  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 
289 aa  92.4  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 
313 aa  92.4  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 
299 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  32.02 
 
 
285 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 
303 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 
310 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 
306 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 
295 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 
302 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  31.93 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 
295 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  29.18 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 
302 aa  82.4  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 
307 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 
305 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 
306 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 
301 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.92 
 
 
259 aa  80.1  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 
306 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  24.53 
 
 
307 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  29.24 
 
 
290 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 
293 aa  79  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 
295 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  26.44 
 
 
306 aa  79  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 
295 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 
302 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  25.59 
 
 
306 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  27.39 
 
 
299 aa  76.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 
305 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 
295 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 
303 aa  75.9  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 
302 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 
300 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  48.15 
 
 
87 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 
290 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 
301 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 
290 aa  73.2  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  38.26 
 
 
298 aa  73.2  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 
304 aa  72.8  0.000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.32 
 
 
298 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 
303 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 
293 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 
297 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  23.92 
 
 
304 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  24.02 
 
 
279 aa  72  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 
299 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 
305 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 
289 aa  71.2  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.58 
 
 
311 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 
296 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 
290 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 
300 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
293 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.31 
 
 
299 aa  69.7  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.63 
 
 
286 aa  69.3  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  23.95 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
321 aa  69.3  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  29.45 
 
 
305 aa  69.3  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  24.73 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 
280 aa  68.9  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>