More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5616 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
306 aa  632  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  70.9 
 
 
304 aa  443  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  64.38 
 
 
306 aa  414  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  62.3 
 
 
306 aa  402  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  63.55 
 
 
301 aa  394  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  61.33 
 
 
302 aa  389  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  63.09 
 
 
304 aa  386  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  60.8 
 
 
308 aa  378  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  58.86 
 
 
303 aa  379  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  59.41 
 
 
305 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  58.22 
 
 
305 aa  368  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  60 
 
 
299 aa  369  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  59.93 
 
 
302 aa  367  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  59.15 
 
 
302 aa  365  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  59.26 
 
 
305 aa  367  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  61 
 
 
300 aa  363  2e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  57.47 
 
 
306 aa  352  5e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  54.85 
 
 
304 aa  350  2e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  56.38 
 
 
306 aa  347  1e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.33 
 
 
311 aa  314  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  49.67 
 
 
303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  52.48 
 
 
312 aa  305  9.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  50.68 
 
 
304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  51.85 
 
 
306 aa  302  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  51.32 
 
 
305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  50.84 
 
 
306 aa  298  6e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  49.35 
 
 
307 aa  295  9e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  49.18 
 
 
305 aa  293  3e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 
305 aa  293  4e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  46.23 
 
 
306 aa  286  2.9999999999999996e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  48.65 
 
 
307 aa  280  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  48.31 
 
 
304 aa  281  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  47.37 
 
 
301 aa  280  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  47.23 
 
 
304 aa  278  1e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  45.42 
 
 
305 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  47.64 
 
 
302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  45.61 
 
 
305 aa  263  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  47.65 
 
 
303 aa  257  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  44.75 
 
 
300 aa  252  5.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  45.51 
 
 
304 aa  251  1e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  42.37 
 
 
298 aa  249  6e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  43.58 
 
 
297 aa  245  4.9999999999999997e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  39.53 
 
 
303 aa  229  4e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 
298 aa  228  9e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 
300 aa  225  8e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 
295 aa  225  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 
303 aa  211  9e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  38.31 
 
 
295 aa  203  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  37.2 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  55.42 
 
 
87 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 
312 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
283 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 
297 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 
296 aa  83.2  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.25 
 
 
259 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 
314 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 
289 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 
293 aa  78.6  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 
301 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 
314 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 
300 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 
305 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 
302 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  27.73 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 
289 aa  73.2  0.000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 
285 aa  71.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  43.04 
 
 
286 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 
286 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 
301 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 
280 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 
307 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  41.56 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 
295 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 
289 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  36.47 
 
 
310 aa  68.2  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 
283 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 
289 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  30.97 
 
 
308 aa  67  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  36.28 
 
 
305 aa  67  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 
299 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 
115 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  23.78 
 
 
298 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 
519 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3661  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 
289 aa  66.2  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
283 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  31.9 
 
 
365 aa  65.9  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 
331 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 
290 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 
292 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  21.96 
 
 
292 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 
286 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>