More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2529 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 312 aa  649    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  55.12 
 
 		 306 aa  321  9.999999999999999e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  52.08 
 
 		 306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  52.82 
 
 		 304 aa  318  9e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.99 
 
 		 311 aa  318  1e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  50.66 
 
 		 303 aa  306  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  50.66 
 
 		 306 aa  304  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  51.83 
 
 		 306 aa  302  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  52.48 
 
 		 306 aa  298  6e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  50.98 
 
 		 305 aa  293  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  50.83 
 
 		 306 aa  294  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  49.33 
 
 		 304 aa  291  8e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  49.5 
 
 		 306 aa  290  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  47.71 
 
 		 304 aa  288  8e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 		 307 aa  288  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  49.16 
 
 		 304 aa  288  1e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  48 
 
 		 301 aa  287  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  49.17 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  47.18 
 
 		 303 aa  286  4e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  48.21 
 
 		 305 aa  285  7e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 302 aa  285  7e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.32 
 
 		 299 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  45.31 
 
 		 305 aa  282  6.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  47.67 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 301 aa  279  3e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 		 302 aa  280  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  48.21 
 
 		 305 aa  280  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  47.54 
 
 		 305 aa  279  4e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  48.17 
 
 		 302 aa  278  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  46.41 
 
 		 308 aa  276  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  47.68 
 
 		 305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  45.51 
 
 		 305 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  50.32 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  47.4 
 
 		 304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  44.88 
 
 		 307 aa  266  5e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  43.71 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 304 aa  252  6e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  42.33 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  43.14 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  42.81 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  43.33 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  39.4 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  42.5 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  38.41 
 
 		 295 aa  215  9e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  42.41 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  37.54 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  36.18 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 295 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  55.42 
 
 		 87 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  25.29 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.98 
 
 		 259 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  22.8 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  24.37 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  40 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  23.24 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.25 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  28.07 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  35.29 
 
 		 250 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 283 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  30.23 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 386 aa  68.6  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  23.28 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  35.29 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  30.33 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  39.51 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 286 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  31.52 
 
 		 537 aa  66.2  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  40.51 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  33.33 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  21.81 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  23.1 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>