More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6725 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 300 aa  629  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  64.09 
 
 		 320 aa  428  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  58.19 
 
 		 302 aa  372  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  54.58 
 
 		 309 aa  335  7e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  53.36 
 
 		 300 aa  328  5.0000000000000004e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  53.36 
 
 		 300 aa  322  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  50.98 
 
 		 307 aa  320  1.9999999999999998e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  51.54 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 328 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  46.73 
 
 		 304 aa  286  4e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  45.95 
 
 		 297 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  42.52 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  46.09 
 
 		 283 aa  246  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  42.96 
 
 		 319 aa  246  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  40.5 
 
 		 303 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  41.97 
 
 		 289 aa  244  1.9999999999999999e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  41.22 
 
 		 292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  39.27 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  41.16 
 
 		 289 aa  238  6.999999999999999e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  39.48 
 
 		 295 aa  236  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.46 
 
 		 283 aa  205  6e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  35.77 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  27.9 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  35.71 
 
 		 188 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.79 
 
 		 259 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 286 aa  86.3  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 310 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 289 aa  85.5  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.6 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  22.96 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  22.96 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  25.24 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.07 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  46.58 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 285 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  39.08 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  45.21 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 268 aa  70.5  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  37.78 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  32.12 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  21.86 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  24.52 
 
 		 266 aa  69.3  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  22.97 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  22.92 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  37.8 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  25.31 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 295 aa  67.4  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>