More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5575 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 320 aa  667    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  64.09 
 
 		 300 aa  428  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  59.52 
 
 		 302 aa  377  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  51.01 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  51.36 
 
 		 297 aa  318  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  48.99 
 
 		 300 aa  310  2e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  46.56 
 
 		 309 aa  307  2.0000000000000002e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  49.48 
 
 		 307 aa  294  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  48.52 
 
 		 304 aa  293  3e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  45.16 
 
 		 328 aa  291  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 297 aa  258  8e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  42.95 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  49.02 
 
 		 283 aa  241  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  41.73 
 
 		 292 aa  239  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 		 299 aa  238  6.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  41.09 
 
 		 289 aa  239  6.999999999999999e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 295 aa  238  8e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  40.7 
 
 		 319 aa  236  4e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  42.64 
 
 		 289 aa  232  5e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  40.15 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.97 
 
 		 283 aa  199  5e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 289 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  34.73 
 
 		 188 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 309 aa  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 307 aa  92.4  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 313 aa  86.3  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.13 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 331 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  29.65 
 
 		 279 aa  72.4  0.000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  22.64 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  22.95 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  40.51 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  23.56 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  22.95 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 351 aa  67  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 302 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  21.55 
 
 		 289 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.62 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  25.97 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.02 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  26.94 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  29.79 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  23.28 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 		 87 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>