More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2298 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 310 aa  639    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 299 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  26.54 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 295 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 290 aa  95.9  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  28.19 
 
 		 281 aa  94  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  35.26 
 
 		 288 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  30.4 
 
 		 303 aa  92.8  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 301 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 288 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 290 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 295 aa  90.1  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.6 
 
 		 259 aa  89.4  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 285 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 294 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 310 aa  86.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 289 aa  86.7  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 309 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  25.94 
 
 		 307 aa  86.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 295 aa  86.3  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 283 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 328 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  31.01 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  28.64 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  39.5 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  31.79 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.84 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  23.69 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  30.43 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  45.26 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  23.69 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  45.88 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  33.65 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  74.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  22.78 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 298 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>