More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4477 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  620  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  55.36 
 
 		 288 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  55.24 
 
 		 303 aa  332  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  54.84 
 
 		 288 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 292 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 292 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 292 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 292 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  48.26 
 
 		 289 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  46.88 
 
 		 289 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  36.55 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 307 aa  159  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  34.58 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 329 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  31.83 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  30.85 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  31.74 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  29.86 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  31.45 
 
 		 343 aa  139  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 281 aa  136  3.0000000000000003e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  31.23 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  32.07 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 310 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 291 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.02 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  29.27 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  29.27 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.27 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  29.02 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.6 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.6 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.6 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.6 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.6 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  23.95 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 263 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 290 aa  94.7  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 286 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 271 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 281 aa  90.5  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 294 aa  89.7  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 283 aa  89  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 268 aa  87.8  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  26.95 
 
 		 299 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 283 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  23.69 
 
 		 295 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  23.69 
 
 		 280 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  43.96 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  23.08 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  21.91 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  22.99 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>