More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2728 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 315 aa  630  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  41.5 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  38.01 
 
 		 304 aa  172  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  35.79 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  37.07 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  33.11 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  34.67 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  34.02 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 309 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 317 aa  142  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  31.56 
 
 		 290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 281 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 300 aa  119  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  31.25 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  30.31 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  31.32 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  31.32 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.32 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.25 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.89 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 289 aa  105  9e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.29 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.77 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.77 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.77 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.77 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.77 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  31.62 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  33.55 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 281 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 297 aa  99.4  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  27.97 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  31.65 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 292 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 286 aa  96.3  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 271 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  29.88 
 
 		 263 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 293 aa  94.4  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  22.01 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  30.88 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 284 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 282 aa  89.4  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 287 aa  89  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 286 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.2 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 287 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  22.88 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 286 aa  86.3  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 307 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 290 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>