More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4762 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 311 aa  638    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  31.05 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 285 aa  129  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 280 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 280 aa  119  9e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 281 aa  112  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  30.35 
 
 		 291 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  32.05 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 284 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 286 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  30.42 
 
 		 259 aa  107  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.87 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 282 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 		 279 aa  99.8  6e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 292 aa  99.4  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  29.32 
 
 		 266 aa  98.6  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.69 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  26.41 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  31.3 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  31.3 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.3 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 281 aa  96.3  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 296 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 304 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 293 aa  95.5  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  25.9 
 
 		 303 aa  94.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  27.38 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 279 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 294 aa  92.8  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  31.2 
 
 		 331 aa  92.8  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 		 289 aa  92.4  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.62 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.62 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.62 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.62 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.62 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 282 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 280 aa  89.7  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>